晋剧《姐妹皇后》主要讲述了大皇子肖娟与二皇子肖婴之间的权力纷争，以及他们分别娶的两姐妹——陆丞相之女在宫廷中的命运纠葛。

 

皇后毕氏为了扶持自己的儿子肖婴上位，不惜设计陷害大皇子肖娟，导致一场宫廷惨变。在这场斗争中，陆丞相之妻与皇后本是亲姐妹，但皇后为了权力竟杀害了姐夫陆丞相，并嫁祸给大皇子。面对家族的冤屈，陆丞相的长女因不愿嫁给轻浮的二皇子而拒绝皇后旨意，而次女则为了查明真相、保护家人，假意顺从，嫁入皇宫暗中调查。